НССЗ е създадена в края на 1999 г. на база на Закона за селскостопанската академия (предишно име – Закон за националния център за аграрни науки) и по-специално на § 1 от него и след структуриране и кадрово обезпечаване започва съветническата си дейност през месец октомври 2000 г.

НССЗ е наследник на Националната система за съвети в земеделието, която от своя страна e създадена в рамките на подписано споразумение между Селскостопанската академия и тогавашното Министерство на земеделието и хранителната промишленост и е изградена с техническата и финансова помощ на Програма ФАР – Земеделие в рамките на два проекта – 1995-1999 г.

Изграждане на капацитета на НССЗ започва с нейното създаване и продължава интензивно по време на осъществените проекти на ФАР. В рамките на тези проекти се провеждат интензивни обучения на експертите, които им помагат да се превърнат в търсени консултанти в областта на земеделието.

От 2000 г. досега НССЗ участва в редица международни проекти, част от които имат за цел да укрепват капацитета на НССЗ основно в различни аспекти от ОСП – устойчиво управление на земите, развитие на селските региони, развитие на биологично земеделие, обща организация на пазара на плодове и зеленчуци, развитие на стратегии и управление на селскостопански организации, организации на производители и стандарти за качество, устойчиво предоставяне на консултантска агробизнес помощ на пазарно ориентирани производители и др.  

НССЗ има своето запазено място като структура, подпомагаща развитието на конкурентно земеделие в страната. От 2008 г. НССЗ консултира земеделските стопани и активно участва в процеса на изпълнение на ПРСР.