Мисията на НССЗ е да подпомага прилагането на държавната политиката в аграрния сектор и постигането на заложените от МЗХГ приоритети и цели за осъществяване на ефективно и конкурентно земеделие в Република България, като съдейства за развитието на националната система за знания и иновации в селското стопанство.и предлага на земеделските стопани качествени консултантски услуги, актуална и полезна информация, обучение и техническа помощ.

Визията за развитие на НССЗ  e утвърждаване на НССЗ като предпочитана от земеделските стопани съветническа служба, която използва съвременни технологии и методи за предоставяне на консултански услуги в областта на земеделието и селските райони и като лидер на националната система за знания и иновации в селското стопанство.