НССЗ е структурирана в Главна дирекция „Съвети в земеделието и аналитична лаборатория“ (ГД СЗАЛ) и дирекция „Административно – финансова дейност“ (АФД).
Съгласно Правилника за устройството и дейността на НССЗ, броят на служителите на НССЗ е 70 души (вкл. изпълнителния директор). С последните промени в Правилника бяха възложени и нови функции на НССЗ свързани с ПРСР 2014-2020 г.
Съгласно Постановление № 185 на Министерския съвет от 2011 г. (ДВ, бр. 52 от 2011 г., доп. ДВ. бр.29 от 21 Април 2015 г.), НССЗ има право да назначи извън утвърдената численост на персонала до 50 броя на експертите, при спазване на разпоредбите на трудовото законодателство, за изпълняване на дейности си по ПРСР 2014 – 2020 г., в т.ч. мярка 2 „Консултантски услуги, услуги по управление на стопанство и услуги по заместване в стопанство“. Средствата за работна заплата и осигурителни вноски, както и цялостната издръжка на тези служители се осигуряват от средствата на НССЗ, получени в резултат на изпълняваните дейности по тези мерки. Точният брой на назначения извънщатен персонал зависи от успешното прилагане от НССЗ на дейностите по мярка 2 „Консултантски услуги, управление на стопанството и услуги по заместване в стопанството” по ПРСР 2014-2020 г. , т.е. този персонал може да бъде назначен и задържан на работа само в случай, че НССЗ предоставя значителен брой комплекти съветнически услуги по мярка 2 от ПРСР 2014-2020 г. Към 31.12.2019 г. броят на тези служители е 49.
Специализираната администрация е организирана в ГД СЗАЛ с 27 регионални офиси и 3 отдела на централно ниво – „Информационно-обучителни дейности, иновации и международно сътрудничество”(ИОДИМС), „Консултантски услуги по национални и европейски програми“(КУНЕП) и „Център за изпитване и оценка на пригодността и качеството на почвите” (ЦИОПКП).
Общата администрация е организирана в дирекция „Административно-финансова дейност“(АФД), която осъществява административното обслужване, финансово счетоводната дейност и вътрешния контрол, поддържане на материалната база и информационната система, управлението на транспортната дейност и човешките ресурси. В структурата й няма отделни отдели.
Организационно, НССЗ извършва дейност на територията на цялата страна, тъй като има офиси във всеки областен град. НССЗ няма представители на общинско ниво поради ограничения брой служители, което затруднява дейността, но на този етап това се компенсира с по-чести посещения на експерти от офисите на НССЗ в общините и провеждането на изнесени приемни в различни населени места.
